清雍正七年，吏部大堂失火，造成吏部所有档案毁于一旦，带来巨大损失。同时，为防止书吏篡改档案，雍正建立了档案的副本制度。雍正七年下达谕旨：“嗣后各部衙门存贮档案之处，应委笔帖式等官，轮班直宿巡查。至内阁本章及各衙门档案，皆应于正本外立一副本，另行收贮”，并且规定，如果本章正本是用红字批发的，副本则用墨笔批示存案，而其它的档案副本，则用钤记以分别之。副本最后都要送到内阁，年终送至皇史宬石室前的东西二厢存放。嘉庆年间又兴建副本库。雍正建立档案副本制度的目的：一方面是为了防止因火灾而烧毁档案所造成的损失；另一方面也是为了杜绝书吏隐藏擅改的弊端。从历史角度讲，副本制度的实施对于维护清代档案的完整起了重要作用。
